先天性发育异常是男性不孕的重要原因。先天性发育异常包括阴茎先天性发育异常、尿道先天性发育异常、睾丸先天性发育异常和其他先天性发育异常。

　　阴茎先天性发育异常：阴茎先天性病理变化的任何原因都会影响性交活动，严重者会导致不孕。

　　尿道先天性异常：男性尿道先天性异常，包括尿道裂纹和尿道裂纹。影响性交能力，精子不能输入女性生殖道，导致不孕。如先天性尿道憩室、先天性尿道狭窄等，有不同程度的射精障碍，影响妊娠。

　　睾丸先天性异常：包括无睾丸、睾丸发育不全、异位睾丸、睾丸融合、隐睾、多睾、睾丸附睾分离等，都会干扰或破坏其正常的生殖功能，影响患者的生殖能力或/和性能力。

　　其他先天性发育异常:如先天性附睾、输精管发育不全、输精管阻塞、精囊发育不全、前列腺发育不良、憩室等。，导致附属性腺功能障碍和不孕。另一个例子是射精管发育不全、梗阻和开口异常，也会导致男性不孕。